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SNP检测

SNP（single nucleotide polymorphism），即单核苷酸多态性，是由于单个核苷酸改变而导致的核酸序列多态。 SNP在人类基因组中广泛存在，平均每500～1000个碱基对中就有1个，估计其总数可达300万个甚至更多。 SNP所表现的多态性只涉及到单个碱基的变异，这种变异可由单个碱基的转换(transition)或颠换(transversion)所引起，也可由碱基的插入或缺失所致。DNA序列的变化将影响不同人群疾病的发生和演变，以及对病原体，化学试剂，药品及疫苗的病理反应。 因此SNPs被认为是在未来实现个性化医疗的关键环节。 SNP方面的研究在农作物和畜牧业项目上也很重要。 目前SNP检测已广泛应用于群体遗传学和疾病相关基因的研究，在药物基因组学、诊断学和生物医学研究中发挥着重要作用。

艾基生物技术有限公司为您提供下列全面的SNP位点检测服务。 大量样本还有更好的解决方案， 欢迎发送邮件咨询。

1．直接法测序

    在SNP的检测方法中，通过PCR扩增后直接测序是十分有效的方法，被公认为是SNP检测的“金标准”。在测序峰图中，纯合型SNP的测序峰为单一峰型，而杂合型的为双峰，所以非常容易区分。采用这种方法，SNP检出率接近100%。本方式适合于样品数和检测位点都不多的情况。

 

本项服务包括：

  • 基因组DNA纯化. 样品可以是头发,唾液, 血液和其他组织样品.
  • 引物设计和合成.
  • 试验条件优化以及验证.
  • 高通量PCR扩增，产物纯化以及双向DNA测序.
  • 基因多样性和氨基酸突变总结报告.

 

SNP检测方案将由我们的研究人员采用商业的专业软件进行设计，并且在大规模筛选之前对所有试验方案进行优化及验证。 所有的结果都将按照统一的格式提交给您。

  SNP sequencing results

2．TaqMan探针法
     针对染色体上的不同SNP位点分别设计PCR引物和TaqMan探针，进行实时荧光PCR扩增。探针的5’-端和3’-端分别标记一个报告荧光基团和一个淬灭荧光基团。当溶液中存在PCR产物时，该探针与模板退火，即产生了适合于核酸外切酶活性的底物，从而将探针5’-端连接的荧光分子从探针上切割下来，破坏两荧光分子间的PRET，发出荧光。通常用于大量样本少量SNP位点分析（见图2）。
 某SNP位点分析结果
                                         图2.　某SNP位点分析结果　　A. 纯合(G/G)　　B. 杂合(G/T)

3．SNaPshot法
      该技术由美国Applied Biosystems Inc（ABI）开发，是基于荧光标记单碱基延伸原理的分型技术，也称小测序，主要针对中等通量的SNP分型项目。在一个含有测序酶、四种荧光标记ddNTP、紧临多态位点5’-端的不同长度延伸引物和PCR产物模板的反应体系中，引物延伸一个碱基即终止，经ABI测序仪检测后，根据峰的移动位置确定该延伸产物对应的SNP位点，根据峰的颜色可得知掺入的碱基种类，从而确定该样本的基因型。对于PCR产物模板可通过多重PCR反应体系来获得。通常用于10-30个SNP位点分析（见图3）。
 人线粒体22个SNP位点的SNaPshot实验结果
                                               图3.　人线粒体22个SNP位点的SNaPshot实验结果
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