环状RNA（circRNA）是一类 5' 和 3' 端 以共价键形成环形结构的 RNA 分子。 有别于传统线性 RNA， 这一类型的 RNA大量于真核转录组中表达并存在于细胞核中。在基因转录调控、疾病诊断等方面都具有重要的研究和临床意义。艾基生物经过不断探索、验证和优化，筛选出了特异性表达环状RNA分子的载体，可以在胞内精确剪接RNA，形成环状的RNA分子。
♦ 成环效率好，稳定性高
circRNAs 表达载体上加有艾基生物独家研发的上下游环化框架，对各种长度的目标序都有很好的环化效果，目前验证过的所有 circRNAs 环化效率都在50% 以上，能有效保证至少100倍以上过表达效率。
♦ 序列环化准确
环化框架内部引入的特异环化介导序列可有效保证目标 circRNAs 的线性序列精确环化。
♦ 系统多样性高
艾基生物可提供基于细胞瞬时，慢病毒或者腺病毒的表达系统，也可提供表达GFP荧光或着嘌呤霉素等抗性基因的系统，以便利于筛选。
►【服务介绍】
细菌的rRNA 是细胞内含量最多的RNA，约占RNA 总量的80% 以上，由高度保守区和可变区组成。细菌的rRNA 包括5S、 16S、 23S，其中5S rRNA 信息量少，不适合分析。23S rRNA 尽管分子大，信息量多，但碱基突变速度较快，同样不适用于细菌鉴定。16S rDNA 是编码原核生物核糖体小亚基rRNA（16S rRNA）的DNA 序列，相比之下遗传较为稳定，长度在1550±200 bp 左右，代表信息量适中，可以用于研究系统进化。目前已经报道了10,000 种以上的细菌16S rDNA 序列。
►【技术流程】
技术流程图
16s rRNA示意图
►【样品要求及注意事项】
►【交付结果】
►【服务价格】
| 项目内容 | 样品类型 | 价格（元/样品） |
| 细菌16S区序列分析 | 基因组 | 220 |
| 菌液 | 280 |
注：对于测序双峰的样品，我们可提供克隆测序服务，价格：300 元/ 样品；包含：片段克隆，4 个阳性克隆测序，序列比对分析。
真菌ITS区序列分析
►【服务介绍】
真菌基因组中编码核糖体RNA 的基因有4 种，28S rDNA、5S rDNA、18S rDNA 和5.8S rDNA，其中 18S、 5.8S 和 28S rDNA基因组成一个转录单元，其间的间隔区为ITS (Internal Transcribed Space) 基因，包括ITS1 及ITS2 两部分。ITS 区基因进化速度快，具有多态性，适于对亲缘关系较近的菌株进行区分鉴定。利用rDNA 的保守序列设计引物，PCR 扩增未知真菌的ITS 区，测序后与GenBank 中已知的序列进行同源性比较，将未知真菌鉴定到属或种。
►【技术流程】
技术流程图
ITS示意图
►【样品要求及注意事项】
►【交付结果】
►【服务价格】
| 项目内容 | 样品类型 | 价格（元/样品） |
| 真菌ITS区序列分析 | 基因组 | 240 |
| 菌液 | 300 |
注：对于测序双峰的样品，我们可提供克隆测序服务，价格：300 元/ 样品；包含：片段克隆，随机挑选4 个阳性克隆测序，序列比对分析。
Small RNA 是生命活动重要的调控因子，在基因表达调控、生物个体发育、代谢及疾病的发生等生理过程中起着重要的作用。Illumina测序平台能够对样品的全部Small RNA进行深度测序，达到定性定量的研究目的。每个样品可得到10 Millions 以上的Small RNA测序序列。通过大量的平行测序，可以发掘、鉴定并定量出任何物种全基因组水平的小RNA图谱、新mRNA分子的挖掘、靶基因的预测，鉴定和样品间差异表达分析等科学应用。
►【技术流程】
►【实验周期】
从客户获得样品质检合格后，到获得高质量的测序数据以及分析结果，一般控制在30-50天左右完成。
►【样品要求】
RNA样品总量：一次性提供至少 3 ug高质量的总RNA。
样品浓度和纯度：样品浓度 > 100 ng/μl，OD260/280 介于1.8-2.0之间，无肉眼可见污染。
样品质量：使用Agilent Bioanalyzer 仪器检测，则获得的总的RNA 28S：18S >1，RNA > 7.5。
样品保存：请选择乙醇、DEPC水保存样品，并在样品信息单中注明。
样品运输：样品请置于1.5 ml管中，并使用封口膜封好，放置足够的干冰运输。
lncRNA（long noncoding RNA）是一类长度超过200 nt的长链非编码RNA，通过与DNA、RNA或蛋白质结合，在表观遗传、转录及转录后等水平调控基因表达。
lncRNA测序是研究已有参考基因组物种的特定组织或细胞在某个特定时期转录出的所有lncRNA和mRNA。
►【技术流程】
►【试验周期】
HiSeq PE150 45天，一般测序量：10-12 Gb clean data。
►【样品要求】
转录组样品：RNA样品总量: ≥ 2.0 μg，RNA样品浓度: ≥ 100 ng/μl。
样品浓度和纯度：样品浓度 > 100 ng/μl，OD260/280 介于1.8-2.0之间，无肉眼可见污染。
样品质量：使用Agilent Bioanalyzer 仪器检测，则获得的总的RNA 28S：18S > 1，RIN > 7.5。
样品选择：对于细菌和真菌样品，希望尽量来自于同一个菌株，不要有宿主DNA污染。
样品保存：请选择乙醇、DEPC水保存样品，并在样品信息单中注明。
样品运输：样品请置于1.5 ml管中，并使用封口膜封好后干冰运输，请勿反复冻融。
转录组，广义上指在相同环境（或生理条件）下的一个细胞、组织或生物体中出现的所有RNA的总和，包括信使RNA（mRNA）、核糖体RNA（rRNA）、转运RNA（tRNA）及非编码RNA；狭义上则指细胞所能转录出的所有mRNA。转录组测序是研究细胞表型和功能的一个重要手段，可以在细胞或组织水平上对整个转录组的时空表达进行分析。利用高通量测序技术进行转录组测序是一种跨界、可靠、有效的获得转录组信息的手段。相对于传统的芯片杂交平台，转录组测序无需预先针对已知序列设计探针，即可对任意物种的整体转录活动进行检测，提供更精确的定量信息，更高的检测通量以及更广泛的检测范围，是目前深入研究转录组复杂性的强大工具。通过对转录本表达分析可以快速发现新基因，并对SNP和lnDel变异、可变剪切、融合基因进行鉴定分析。
►【技术流程】
►【实验周期】
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产品 |
策略 |
推荐数据量 |
周期 |
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真核有参转录组 |
HiseqPE150 |
6 Gb、8 Gb、10 Gb、12 Gb clean data |
40天 |
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真核无参转录组 |
无参拼接至少8 Gb clean data |
50天 |
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表达谱 |
HiseqPE150/50SE |
3 Gb clean data/10M |
40天 |
►【样品要求】
转录组样品：RNA样品总量: ≥ 1.0 μg，RNA样品浓度: ≥ 50 ng/μl；
样品浓度和纯度：样品浓度 > 100 ng/μl，OD260/280 介于1.8-2.0之间，无肉眼可见污染；
样品质量：使用Agilent Bioanalyzer 仪器检测，则获得的总的RNA 28S：18S > 1，RIN 动物 > 7，RIN植物 > 6.5；
样品选择：对于细菌和真菌样品，希望尽量来自于同一个菌株，不要有宿主DNA污染；
样品保存：请选择乙醇、DEPC水保存样品，并在样品信息单中注明；
样品运输：样品请置于1.5 ml管中，并使用封口膜封好后干冰运输，请勿反复冻融。
全外显子组是指全部外显子区域的序列集合，该区域包含编码蛋白质所需要的重要信息，涵盖了与个体表型相关的大部分功能性变异。通过高通量测序技术进行全外显子测序，能够直接发现与蛋白质功能变异相关的各种遗传变异。与全基因组重测序相比，外显子组测序只需针对外显子区域的基因序列测序即可，覆盖度更深、数据准确性更高，更加简便、经济、高效。
目标区域捕获技术是根据感兴趣的特定目标区域参考序列设计的寡核苷酸探针，通过将探针与全基因组DNA片段进行杂交来实现特定目标区域富集的过程。对于特定区域富集后，利用第二代测序技术完成该区域的深度测序，大大降低了通过测序在群体中检测稀有突变的成本和时间。目前我公司的目标区域捕获测序主要为利用Agilent sure select enrichment 技术实现特定区域富集，结合illumina 的测序平台完成深度测序。
►【技术流程】
艾基提供外显子或目标区域从200 k-70 M的捕获芯片，可以满足不同客户的需求。对于全外显子测序来讲，比较适合基于家系（单基因遗传病）或散样（癌组织及其癌旁组织）的研究；在GWAS的后期研究经常需要对具有极显著的疾病或性状关联的区域进一步进行深度测序验证，以便筛选出与疾病密切关联的SNP位点以及其影响的基因。
将基因组DNA随机打断，选择180-250 bp片段进行回收，采用液相杂交的方法对外显子或目标区域进行捕获，构建小片段测序文库，采用150PE的模式测序，经过与参考基因组比对后，对测序数据进行数据产量统计以及SNP、InDel检测及注释。
►【生物信息学分析】
数据质控：去除接头污染和低质量数据
与参考序列进行比对、统计测序深度及覆盖度
SNP／InDel／SV /CNV检测、注释及统计
♦基于变异有害性的筛选
突变位点筛选
突变位点有害性分类
结构变异CNV有害性分析
♦基于选样信息的筛选
显性／隐性遗传模式分析（需合作方提供家系图）
家系连锁分析（家系样本）
纯合子区域（ROH）分析（近亲结婚家系样本）
共有突变基因筛选（散发样本）
♦基于基因功能和表型的筛选
候选基因功能富集分析
候选基因通路富集分析
候选基因与疾病相关性排序
►【实验周期】
从客户样品质检合格后，包括高通量测序数据获得和生物信息学分析，一般控制在30-45天内完成，并根据客户特定的需求建立个性化生物信息学分析流程。
►【样品要求】
DNA样品总量：请一次性提供至少 1 μg高质量的基因组DNA；
样品浓度和纯度：样品浓度 > 50 ng/μl，OD260/280 介于1.8-2.0之间，无肉眼可见污染；
样品质量：基因组完整、无降解，电泳中DNA主带应大于23 kb；
样品选择：对于植物样品建议选取黑暗培养的黄化苗或嫩苗，动物样品应选择肌肉、血等脂肪含量较少的组织进行取样；
样品保存：请选择干粉、酒精、TE或超纯水中进行保存。
宏基因组测序，是对特定环境样品中的微生物群落基因组进行高通量测序，以分析微生物群体基因组成及功能，解读微生物群体的多样性与丰度，探求微生物与环境、微生物与宿主之间的关系，发掘和研究新的、具有特定功能的基因。基于高通量测序的宏基因组学研究具有以下优势：1）很多自然界中的微生物并不能在实验室条件下进行培养，因此，无需进行分离培养而扩展了微生物的研究范围；2）该方法对环境中微生物群落的多样性、功能基因等宏观特征进行了研究，更快更有效、准确的反应出微生物真实状态；3）无需基因组片段在宿主菌中的富集，高通量测序能分析挖掘总体微生物中的物种种类以及功能基因，提高了宏基因组学在多种研究领域的广泛应用。
►【技术路线】
►【生物信息学分析】
总体数据统计分析
单个样品中微生物种类及丰度分析，序列聚类OTU，群落结构分析
多个样品间比较分析，包括相似度比对，OTU比较、多样品群落结构分析，PCA（主成分）分析
将reads与已测序微生物基因组（或参考序列）进行比对，得到物种分类信息以及每个物种上的reads个数统计
对reads组装，得到contigs序列，根据contig的拼接结果，进行基因预测、基因功能注释、COG分类、GO分类、KEGG-KO分类及KEGG-map代谢图
►【应用领域】
环境微生物：土壤、水体、污泥等
动物微生物：生殖道、皮肤
人体微生物：生殖道、皮肤
►【样品要求】
样品总量：环境细菌多样性分类一次文库制备所需要的样品量为1 μg DNA，宏基因组测序一次文库制备所需要的样品量为 3 μg DNA，为保证实验的质量及延续性，请一次性提供至少两次的制备量（注：不同环境DNA质量差别较大，具体样品量请咨询当地技术人员）；
样品浓度和纯度：环境样品浓度 > 50 ng/μl，宏基因组为30 ng/μl，OD260/280 应在1.8-2.0之间，无蛋白质、RNA或肉眼可见杂质污染；
样品质量：基因组完整、无降解，电泳结果基因组DNA主带在预期位置，清晰，无弥散；cDNA片段化样品，片段大小符合预期位置；
样品保存：请选择干粉、酒精、TE buffer或超纯水一种，并在样品信息单中注明；
样品运输：请将样品置于1.5 ml管中，做好标记，并用封口膜好，并同《测序样品订单》一起放在塑料样品袋封口，基因组DNA如果用乙醇沉淀，可以常温运输。
►【实验周期】
接收客户样品后，从质检合格到生物信息分析结束一般控制在30-45个工作日，但根据项目样品数量，完成周期有所调整。
扩增子测序主要通过对特定长度的PCR 产物进行测序分析，针对环境样本，16S/18S/ITS 等基因扩增子测序是研究环境微生物多样性及群落组成差异的重要技术手段之一。
►【提供的服务】
16S rDNA为编码原核生物核糖体小亚基rRNA 的DNA 序列，具有10个保守区域和9个高变区域(V1-V9)，其中保守区在细菌间差异不大，高变区具有属或种的特异性，对16S rDNA某个高变区进行测序，用于研究环境微生物中细菌或古菌的群落结构多样性。
ITS 分为两个区域：ITS1 和ITS2，ITS1 位于真核生物rDNA 序列18S 和5.8S 之间，ITS2 位于真核生物rDNA 序列5.8S 和28S 之间。对ITS1 或ITS2 进行测序，用于研究环境微生物中真菌群落结构多样性。
根据客户的研究需求，利用第二代高通量测序技术，对某些目标基因的PCR 产物提供测序及分析服务。
►【技术流程】
►【试验周期】
目标区域扩增子测序HiSeq2500 PE250 5w/10w 条Tags 45 个自然日。
►【样品要求】
常见环境样本（请使用干冰或冰袋运送）：土壤、淤泥、沉积物 ≥ 3 g；粪便 ≥ 500 mg；组织样本 ≥ 1 g；
水体送样为过滤后的滤膜( 最适滤膜直径3-4 cm，孔径大小一般选择0.22 μm 或者0.45 μm)；
拭子样本≥ 2 个；
DNA/PCR 产物（请使用干冰或冰袋运送）；
DNA：浓度 ≥ 5 ng/μl，总量 ≥ 150 ng；DNA 要有明显主带，无降解，无RNA、蛋白质等杂质污染；
PCR 产物：浓度 ≥ 20 ng/μl，总量 ≥ 400 ng，片段大小 < 450 bp，条带单一，无降解，无引物二聚体。
DNA甲基化是表观遗传学（Epigenetics）的重要组成部分，在维持正常细胞功能、遗传印记、胚胎发育以及人类肿瘤发生中起着重要的作用。Bisulfite处理能够将基因组中未甲基化的胞嘧啶与甲基化的胞嘧啶区分开来，因此成为表观遗传学研究的经典实验方法。Bisulfite处理与高通量测序技术相结合的测序方法—Bisulfite Sequencing能够绘制单碱基分辨率的DNA甲基化图谱。特定物种的高精确度甲基化修饰模式的分析，为广泛应用于细胞分化、组织发育等基础机制研究，以及动植物育种、人类健康与疾病研究奠定基础。
随着分子生物学的快速发展，研究表观遗传学的技术也在不断产生，主要有以下四种：全基因组甲基化测序（Bisulfite测序）、简化基因组甲基化测序（RRBS测序）、免疫共沉降测序（ChIP-seq）、甲基化抗体沉降测序（MeDIP-seq）。上述四种方法都是研究DNA甲基化的常用方法，其不同点在于对前期DNA的处理方式不同，以全基因组甲基化测序为例，其采用亚硫酸氢盐处理基因组DNA使未甲基化修饰的胞嘧啶C碱基转化成尿嘧啶U，通过对处理后的DNA进行全基因组重测序，从而对整个染色体、基因的不同功能区域以及基因组中重复元件的甲基化进行分析，从基因水平实现单碱基的甲基化水平分析。虽然该方法全面详细的分析了甲基化水平，但测序成本相对昂贵，因此，产生了简化甲基化测序，该方法主要是采用甲基化不敏感的II型限制性内切酶进行完全酶切，然后富集特定大小的基因组片段，利用高通量测序平台进行测序分析。
1、数据产出总量；C的测序深度统计；基因组覆盖度统计；
2、与目的物种基因组进行比对；
3、鉴定C碱基的甲基化状态及在基因组上的分布
4、统计各染色体所有5mC的数量、位置及甲基化水平
5、统计不同基因功能区域内5mC中CpG、CHG、CHH所占的比例及甲基化水平；
6、CpG、CHG、CHH中5mC附近的 6 bp序列的特征分析
7、多样品间的差异性甲基化区域（DMR）预测
1、数据产出统计及基本的数据质控处理
2、测序数据与目的物种基因组进行比对
3、胞嘧啶C的测序深度统计
4、Promoter和CpG岛上覆盖度及甲基化分析
5、鉴定胞嘧啶C碱基的甲基化状态及在基因组上的分布
1、数据产出统计及基本的数据质控处理；
2、通过参考基因组比对确定Peak的位置信息；
3、Peak的数量及长度，以及富集度统计；
4、基因组上不用功能区域Peak分布统计
5、多个样品间Peak及相关基因的差异分析
6、Peak相关基因GO显著性富集分析；
7、2个以上样本差异分析
1、原始数据产出统计及基本的数据质控处理；
2、与基因组比对（需要客户提供参考基因组信息）
3、基因组上检测到的甲基化区域统计
4、每个样品检测到的甲基化区域的分布情况（在重复区域、基因区、基因间区的分布）
5、提供与样本甲基化区域相关的基因列表
6、两个样本间甲基化区域相关差异统计
对甲基化测序的完成周期因业务类型不同而异，全基因组甲基化重测序和RRBS测序所需时间从样品检测到生物信息学分析完成，一般需要40-60天；ChIP-seq一般在40-50天完成；MeDIP-seq测序在40-45个工作日完成。
DNA样品总量：全基因甲基化测序需提供 3 μg的基因组DNA，RRBS需提供至少2 ng的DNA，ChIP-seq和MeDIP-seq需提供至少 30 ng的抗体富集后的DNA片段样品（片段长度200-500 bp），为保证质量和延续性，请一次性提供至少2次样本制备量。
样品浓度和纯度：基因组DNA样品浓度 > 100 ng/μl，富集后DNA样品浓度 > 5 ng/μl，OD260/280 介于1.8-2.0之间，无肉眼可见污染。
样品保存：请选择乙醇、纯水进行保存，并在样品信息单中注明。
样品运输：请将样品置于1.5 ml管中，并用封口膜封好。
►【服务介绍】
RAD（Restriction-site Associated DNA）技术利用限制性内切酶消化基因组DNA，通过连接接头和分选基因组酶切片段，可以获得一小部分基因组序列，实现对酶切位点附近序列的深度测序并发现SNP 以及InDel 位点，该技术可以实现群体表型分离和相应marker 的关联分析。
限制性内切酶的选择，对于具有参考基因组的物种，可以进行电子预酶切，从而选择酶切位点数目比较合适的酶进行酶切，并根据电子酶切的长度分布频率选择建库长度（一般在200-300 bp）。对于没有参考基因组的物种，需要利用多种限制性内切酶进行筛选。
►【技术优势】
我们简化了传统的ddRAD-seq流程，一般30个工作日即可完成ddRAD-seq建库。尤其适用于群体遗传等大批量群体的研究中。
RAD-seq下机数据可以有多个软件分析，最常用的为stacks，其余还有pyRAD以及TASSEL等。您可以根据自己需要选择软件进行分析。
我们可根据您的需求选定不同的酶切方案（即选择适用所研究物种的限制性内切酶），获得更加个性化的数据。
►【技术流程】
ddRAD-seq的实验流程因版本不同而已，常规的实验流程涉及到两次连接接头，并且需要机械打断拼接的步骤，这对于有些只需要寻找SNPs或者Indels的分子标记而言没有太大必要，且会给分析带来难度，耗时耗力。因此我们改进了实验流程，避免了机械打断且不可同时加接头的方案。具体实验流程如下图所示：
上机测序片段示意（a和b双酶切之间的片段由于条带大小不在选定范围内而被过滤掉，个体的区分依赖于P1接头上的barcode序列）。
图源自：Brant K. Peterson*, Jesse N. Weber, Emily H. Kay, Heidi S. Fisher, Hopi E. Hoekstra. Double Digest RADseq: An Inexpensive Method for De Novo SNP Discovery and Genotyping in Model and Non-Model Species.Plos one, May 2012 , Volume 7,Issue 5.
产品
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测序平台
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测序策略
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指标
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周期
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ddRAD-seq 建库
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HiSeq PE150
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350-550 bp 文库
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无*
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无**
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I测序数据量与物种基因组大小以及混合样品个数有关，在有参情况下每个个体平均测序深度达到1×即可，无参时需要根据物种基因复杂度而定，一般要求10×以上。
II优质的DNA是RAD-seq技术得以实施的前提，一般来说动植物DNA需要在新鲜时提取，每一个体浓度均需达到20 ng /μL以上且杂质少,每个文库混样个体最好控制在24个以内，这样能有效控制测序数据在个体分配中的偏差。一般而言，如果您提供优质的DNA，我们可以保证在30个工作日内完成建库测序。
