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动植物基因组重测序

 

    随着高通量测序成本的大幅度降低以及测序效率的大幅度提升，使得全基因组重测序成为一种用来查找变异的常规手段，重测序是对已知基因组的物种的不同个体或同一个体的不同组织进行全基因组测序，通过与参考基因组比较分析，获得个体基因组的序列信息，得到与参考基因组的各种变异信息，例如 SNP、InDel、SV 、CNV等变异信息，对获得遗传变异的致病基因、了解群体遗传学以及物种的进化过程具有重要的意义。

 

►【技术路线】  

 

DNA-seq 1

 

利用物理方法将基因组DNA进行随机打断后，根据建库所需片段大小进行回收，利用标准的Illumina建库流程构建小片段测序文库，采用150 PE模式进行测序，总体的测序深度在30×，但根据不同的实验测序要求测序深度可以进行调整。

 

►【生物信息学分析】  

 

数据质控：去除接头污染和低质量数据。

与参考序列进行比对、统计测序深度及覆盖度。

SNP检测，注释及统计。

InDel检测，注释及统计（建议测序深度 ≥ 20 ×）。

SV检测，注释及统计（建议测序深度 ≥ 30 ×）。

CNV检测，注释及统计（建议测序深度 ≥ 50 ×）。

 

►【实验周期】  

 

从对客户的样品质检合格之后开始计算实验周期，包括新一代测序数据获得和生物信息学分析，30-45个工作日内完成，可根据客户的特定需求进行生物信息学的个性化分析。

 

►【样品要求】  

 

  • DNA样品总量：每次建库需要准备样品 1 μg，建议单次送样提供2次制备总量；

  • 样品浓度和纯度：样品浓度 > 50 ng/μl，OD260/280 介于1.8-2.0之间，无肉眼可见杂质污染，基因组完整、无降解，电泳中DNA主带应大于23 kb；

  • 样品选择：对于植物样品建议选取黑暗培养的黄化苗或嫩苗，动物样品应选择肌肉、血等脂肪含量较少的组织进行取样；

  • 样品保存：请选择干粉、酒精、TE或超纯水的保存方式。

 

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