外显子组及目标区域重测序
►【服务介绍】
全外显子组是指全部外显子区域的序列集合，该区域包含编码蛋白质所需要的重要信息，涵盖了与个体表型相关的大部分功能性变异。通过高通量测序技术进行全外显子测序，能够直接发现与蛋白质功能变异相关的各种遗传变异。与全基因组重测序相比，外显子组测序只需针对外显子区域的基因序列测序即可，覆盖度更深、数据准确性更高，更加简便、经济、高效。
目标区域捕获技术是根据感兴趣的特定目标区域参考序列设计的寡核苷酸探针，通过将探针与全基因组DNA片段进行杂交来实现特定目标区域富集的过程。对于特定区域富集后，利用第二代测序技术完成该区域的深度测序，大大降低了通过测序在群体中检测稀有突变的成本和时间。目前我公司的目标区域捕获测序主要为利用Agilent sure select enrichment 技术实现特定区域富集，结合illumina 的测序平台完成深度测序。
►【技术流程】
艾基提供外显子或目标区域从200 k-70 M的捕获芯片，可以满足不同客户的需求。对于全外显子测序来讲，比较适合基于家系（单基因遗传病）或散样（癌组织及其癌旁组织）的研究；在GWAS的后期研究经常需要对具有极显著的疾病或性状关联的区域进一步进行深度测序验证，以便筛选出与疾病密切关联的SNP位点以及其影响的基因。
将基因组DNA随机打断，选择180-250 bp片段进行回收，采用液相杂交的方法对外显子或目标区域进行捕获，构建小片段测序文库，采用150PE的模式测序，经过与参考基因组比对后，对测序数据进行数据产量统计以及SNP、InDel检测及注释。
►【生物信息学分析】
标准信息分析
数据质控：去除接头污染和低质量数据
与参考序列进行比对、统计测序深度及覆盖度
SNP／InDel／SV /CNV检测、注释及统计
高级信息分析
♦基于变异有害性的筛选
突变位点筛选
突变位点有害性分类
结构变异CNV有害性分析
♦基于选样信息的筛选
显性／隐性遗传模式分析（需合作方提供家系图）
家系连锁分析（家系样本）
纯合子区域（ROH）分析（近亲结婚家系样本）
共有突变基因筛选（散发样本）
♦基于基因功能和表型的筛选
候选基因功能富集分析
候选基因通路富集分析
候选基因与疾病相关性排序
►【实验周期】
从客户样品质检合格后，包括高通量测序数据获得和生物信息学分析，一般控制在30-45天内完成，并根据客户特定的需求建立个性化生物信息学分析流程。
►【样品要求】
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DNA样品总量：请一次性提供至少 1 μg高质量的基因组DNA；
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样品浓度和纯度：样品浓度 > 50 ng/μl，OD260/280 介于1.8-2.0之间，无肉眼可见污染；
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样品质量：基因组完整、无降解，电泳中DNA主带应大于23 kb；
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样品选择：对于植物样品建议选取黑暗培养的黄化苗或嫩苗，动物样品应选择肌肉、血等脂肪含量较少的组织进行取样；
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样品保存：请选择干粉、酒精、TE或超纯水中进行保存。
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