技术是核心，服务是宗旨

 

宏基因组测序

 

metagenome 1

►【服务介绍】

     

      宏基因组测序，是对特定环境样品中的微生物群落基因组进行高通量测序，以分析微生物群体基因组成及功能，解读微生物群体的多样性与丰度，探求微生物与环境、微生物与宿主之间的关系，发掘和研究新的、具有特定功能的基因。基于高通量测序的宏基因组学研究具有以下优势：1）很多自然界中的微生物并不能在实验室条件下进行培养，因此，无需进行分离培养而扩展了微生物的研究范围；2）该方法对环境中微生物群落的多样性、功能基因等宏观特征进行了研究，更快更有效、准确的反应出微生物真实状态；3）无需基因组片段在宿主菌中的富集，高通量测序能分析挖掘总体微生物中的物种种类以及功能基因，提高了宏基因组学在多种研究领域的广泛应用。

 

►【技术路线】

 

metagenome

 

►【生物信息学分析】

 

宏基因组细菌多样性测序分析内容

 

总体数据统计分析

单个样品中微生物种类及丰度分析，序列聚类OTU，群落结构分析

多个样品间比较分析，包括相似度比对，OTU比较、多样品群落结构分析，PCA（主成分）分析

 
宏基因组学分析内容

 

将reads与已测序微生物基因组（或参考序列）进行比对，得到物种分类信息以及每个物种上的reads个数统计

对reads组装，得到contigs序列，根据contig的拼接结果，进行基因预测、基因功能注释、COG分类、GO分类、KEGG-KO分类及KEGG-map代谢图

 

►【应用领域】

 

  1. 环境微生物：土壤、水体、污泥等

  2. 动物微生物：生殖道、皮肤

  3. 人体微生物：生殖道、皮肤

 

►【样品要求】

 

  • 样品总量：环境细菌多样性分类一次文库制备所需要的样品量为1 μg DNA，宏基因组测序一次文库制备所需要的样品量为 3 μg DNA，为保证实验的质量及延续性，请一次性提供至少两次的制备量（注：不同环境DNA质量差别较大，具体样品量请咨询当地技术人员）；

  • 样品浓度和纯度：环境样品浓度 > 50 ng/μl，宏基因组为30 ng/μl，OD260/280 应在1.8-2.0之间，无蛋白质、RNA或肉眼可见杂质污染；

  • 样品质量：基因组完整、无降解，电泳结果基因组DNA主带在预期位置，清晰，无弥散；cDNA片段化样品，片段大小符合预期位置；

  • 样品保存：请选择干粉、酒精、TE buffer或超纯水一种，并在样品信息单中注明；

  • 样品运输：请将样品置于1.5 ml管中，做好标记，并用封口膜好，并同《测序样品订单》一起放在塑料样品袋封口，基因组DNA如果用乙醇沉淀，可以常温运输。

 

►【实验周期】

 

接收客户样品后，从质检合格到生物信息分析结束一般控制在30-45个工作日，但根据项目样品数量，完成周期有所调整。

 
官方微信

 

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