微生物基因组de novo测序

 

►【服务介绍】  

 

      近年来，病原微生物的基因组研究取得了飞速的发展。所谓基因组研究是指对微生物的全基因进行核苷酸测序，在了解全基因结构基础上，研究各个基因单独或数个基因间相互作用的功能。通过基因组研究，从根本上揭示了微生物的全部基因，不仅可发现新的基因间相互作用，新的调控因子等，这一研究将使人类从更高层次上掌握病原微生物的致病机制及其规律。从而得以发展新的诊断、预防及治疗微生物感染的制剂、疫苗及药品。

      根据研究目的不同，微生物基因组测序主要分为四种类型：微生物基因组调查、微生物基因组框架图、精细图和完成图。我公司利用illumina平台进行细菌基因组测序，采用短片段高覆盖度测序，结合illumina末端配对测序，为不同测序研究提供个性化方案。

 

►【技术路线】  

 

 

 

►【组装评估标准】  

    

服务种类	完成标准
微生物基因组调查	测序深度达到50×
微生物基因组框架图	基因组覆盖度大于95%，基因区覆盖度达98%
微生物基因组精细图	基因组覆盖度大于98%，基因区覆盖度达99%

 

►【生物信息学分析】  

 

基因组调查信息分析

 

1）原始数据统计

2）序列的初步组装

3）基因组大小的预测

4）GC含量和重复序列的预测

 

基因组框架图信息分析

 

1）原始数据统计

2）序列组装

3）ORF预测和基本功能注释

4）精细图绘制的建议

 

基因组精细图信息分析

 

1）原始数据统计

2）序列组装

3）ORF预测和基本功能注释

4）完成图绘制的建议

 

基因组完成图信息分析

 

1）原始数据统计

2）序列组装

3）ORF预测和基本功能注释

4）比较基因组学和功能基因组学的分析

 

►【样品要求】  

 

• DNA样品总量：小片段文库样品制备需要总量 3 μg的样品，mate-pair文库（2 kb、5 kb、10 kb、）样品制备需要10-50 μg的样品，为保证实验质量及延续性，请一次性提供至少2次样品制备量；

• 样品浓度和纯度：样品浓度 > 100 ng/μl；OD_260/280 介于1.8-2.0之间，无肉眼可见污染；

• 样品质量：基因组完整、无降解；

• 样品选择：对于细菌和真菌样品，希望尽量来自于同一个菌株，不要有宿主DNA污染；

• 样品保存：请选择干粉、酒精、TE或超纯水的保存方式之一。

 

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