ddRAD 测序

 

►【服务介绍】  

 

    RAD（Restriction-site Associated DNA）技术利用限制性内切酶消化基因组DNA，通过连接接头和分选基因组酶切片段，可以获得一小部分基因组序列，实现对酶切位点附近序列的深度测序并发现SNP 以及InDel 位点，该技术可以实现群体表型分离和相应marker 的关联分析。

    限制性内切酶的选择，对于具有参考基因组的物种，可以进行电子预酶切，从而选择酶切位点数目比较合适的酶进行酶切，并根据电子酶切的长度分布频率选择建库长度（一般在200-300 bp）。对于没有参考基因组的物种，需要利用多种限制性内切酶进行筛选。

 

►【技术优势】  

 

1.项目周期短

 

  我们简化了传统的ddRAD-seq流程，一般30个工作日即可完成ddRAD-seq建库。尤其适用于群体遗传等大批量群体的研究中。

 

2.分析多元化

 

  RAD-seq下机数据可以有多个软件分析，最常用的为stacks，其余还有pyRAD以及TASSEL等。您可以根据自己需要选择软件进行分析。

 

3.自主性强

 

   我们可根据您的需求选定不同的酶切方案（即选择适用所研究物种的限制性内切酶），获得更加个性化的数据。

 

►【技术流程】  

 

ddRAD-seq的实验流程因版本不同而已，常规的实验流程涉及到两次连接接头，并且需要机械打断拼接的步骤，这对于有些只需要寻找SNPs或者Indels的分子标记而言没有太大必要，且会给分析带来难度，耗时耗力。因此我们改进了实验流程，避免了机械打断且不可同时加接头的方案。具体实验流程如下图所示：

 

 

上机测序片段示意（a和b双酶切之间的片段由于条带大小不在选定范围内而被过滤掉，个体的区分依赖于P1接头上的barcode序列）。

图源自：Brant K. Peterson*, Jesse N. Weber, Emily H. Kay, Heidi S. Fisher, Hopi E. Hoekstra. Double Digest RADseq: An Inexpensive Method for De Novo SNP Discovery and Genotyping in Model and Non-Model Species.Plos one, May 2012 , Volume 7,Issue 5.

 

►【技术参数】  

 

产品	测序平台	测序策略	指标	周期
ddRAD-seq 建库	HiSeq PE150	350-550 bp 文库	无*	无**

 

I测序数据量与物种基因组大小以及混合样品个数有关，在有参情况下每个个体平均测序深度达到1×即可，无参时需要根据物种基因复杂度而定，一般要求10×以上。

II优质的DNA是RAD-seq技术得以实施的前提，一般来说动植物DNA需要在新鲜时提取，每一个体浓度均需达到20 ng /μL以上且杂质少,每个文库混样个体最好控制在24个以内，这样能有效控制测序数据在个体分配中的偏差。一般而言，如果您提供优质的DNA，我们可以保证在30个工作日内完成建库测序。

 

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